近年来，各级政府不断加大财政支农资金的投入，从总量上看，农业和农村投入呈不断增长的趋势。 但在投入总量大幅度增加的同时，因税费改革政策调整，农业和农村自身原有的一些投入特别是生产性 投入却大幅度下降，不少新的矛盾和问题以一种 “下沉”形式，主要在最基层尤其是在乡、村两级暴露 出来，农村经济、社会发展中出现一些新的不和谐因素。
１. 农田水利投入锐减。税费改革尤其是取消 “两工”后，直接影响到用于农村水利建设的人工及资 金投入，农村水利建设面临前所未有的挑战。农村的沟渠涵闸及排灌等设施普遍年久失修，老化、退化 严重，直接威胁到粮食安全和农业综合生产能力的提高。
２. 农村卫生投入面临新困难。取消农业税后，乡镇财政原有对农村合作医疗的扶持资金失去了基础， 而上级财政资助资金只是杯水车薪，农村新型合作医疗失去了稳定的资金保障。税费改革还导致农村原 有防保经费大幅度减少，已给农村卫生网络的网底造成了一定影响，许多防保工作得不到落实，重治不 防的现象有很大抬头，部分地区螺情上升，结核和血吸虫病有死灰复燃的危险。此外，免征农业税后将 对乡级血防经费投入、村委会的血防义务工、乡镇卫生院及农村初级卫生保健等方面的投入都将产生不 同程度的影响。
３.乡村债务继续增加。多年来，因种种原因，农村形成了数额可观的负债。近两年来，因税费改革后乡村收入减少，一方面债务化解更加困难，另一方面各项公益事业投入几乎完全靠举债进行，不少地 方新的负债还在大量形成，债务总额继续增加。
４. 乡、村组织正常运转难度加大。税费改革后，大多数乡、村集体可开发利用和盘活的资源、资产 不多，创收渠道狭窄，收支难平衡，乡、村组织正常运转十分困难。
５. 财权与事权失衡加剧。从乡村财政来看，免征农业税后，一方面乡村失去了主要的收入来源，另 一方面许多刚性支出有增无减。各县 （市、区）在实行农村中小学教师工资上划县级管理后，大多数仅 保证教师工资国标部分由县级专户统一发放，而占教师工资总额 ３８％ 左右的省、市津贴、补贴，由各乡 镇自筹。同时，农村中小学正常运转的经费落实面临困难，因税费改革而进行的农村中小学布局调整的 经费也没有着落。最基层的村级也承担了相当一部分本应由上级财政承担的征兵、计划生育、培训等费 用开支，而村级根本没有这方面的经费开支渠道，财权与事权不对称的程度加剧，给乱收费和形成新的 农民负担留下了隐患。
６. 农村资金外流严重。近年来，不仅商业银行在农村吸收的资金绝大部分流向城市，农村信用社实 际上也通过存款准备金、转存银行款、购买国债和金融债等形式成为农村资金净流出的渠道。
要解决以上农业和农村投入出现的新问题，仅靠加大财政支农资金的投入是不够的，必须针对取消 农业税后农业和农村投入面临的新情况和新问题，按照统筹城乡发展的要求，构建后税费时代农业和农 村稳定的投入机制。
１. 调整国民收入分配和财政支出结构。工业反哺农业、城市支持农村，目前现实可行的途径是更加 自觉地调整国民收入分配格局，调整财政支出结构，实现公共财政覆盖农村并向农村倾斜。计划生育、 民兵训练系国家大政方针方面的支出，应由中央和省级财政承担。救灾救济、优抚安置、社会福利等也 应逐步过渡到由中央和省级财政负担。农村义务教育、农村公共卫生应由国家、省、县级财政共同承担。 同时，根据农村税费改革以后的实际情况，加快调整和改革现行分税制财政管理体制，增加县、乡级留 成比例，增加对基层财政的转移支付规模，缓解县乡财政压力。
２.建立小型农田水利投入机制。在取消农业税以后，要将农村小型基础设施建设特别是小型农田水 利建设纳入各级政府基本建设投资的范畴。在切实加强民主决策和民主管理、防止重新加重农民负担的 前提下，要引导农民自觉自愿对直接受益的小型农田水利设施建设投工投劳。
３.遏制农村新增债务的发生。在采取有效措施化解乡村原有债务的同时，要特别注意防止新增债务 的产生。应根据各级财力的许可情况，量力而行发展农村公益事业。规范上级财政对县乡财政的转移支 付制度，减少配套性的专项补助，增加标准化的一般转移支付，杜绝新增债务的发生，维护基层财政的 正常运转。
４. 建立资金回流农村的机制。如果农村资金净流出的局面不从根本上加以扭转，农村资金 “失血” 将不断加剧，国家财政支农的政策效应也将大打折扣。必须以建立和健全农村金融服务体系为目标，推 进农村金融体制的整体改革。规定国有商业银行县支行投入 “三农”资金的一定比例，限制过高的系统 内上存资金比例，鼓励商业银行将盈余资金调剂到农村金融机构，鼓励购买农业政策性金融债券。县以 下邮政储蓄吸收的存款，应通过人民银行全额用于增加对农村金融机构的再贷款。除了重视正规金融外， 还要从农村实际出发，积极探索有利于改善农村金融服务的农村民间金融、合作金融等非正规金融的 发展。
５. 创新农业和农村投入机制。逐步建立以财政性投资为主导，以民间投资为主体，信贷、外资等各 类资金为补充的多渠道、多元化的农业和农村投入格局。创新财政投入方式及项目运作机制，减少政府 直接办项目，改变单一的、直接的、无偿的政府农业投资方式。根据项目性质，采用政府财政补助、财 政贴息，建立政策性农业保险机制，并在税收、土地、信贷等方面对农业投资给予优惠等办法，引导各 种经济成分、社会各种资金投资农业，形成农业和农村投入的良性机制。
６. 改革乡村治理组织形式。税费改革后，乡村形成的财力缺口完全由上级财政补足是不可能的，也 不是改革的初衷。应深化撤乡并镇、村组合并及乡镇机构改革，最大限度地精简乡村财政供养人员，并切实转变乡镇政府职能和乡村干部工作作风。从长远看，随着农业税的取消，乡镇作为一级财政应该具 备的条件和应该拥有的职能总体而言不复存在，作为一级财政的作用，基本上已名存实亡。因此，顺应 农村税费改革后新的形势，让农民自己组织起来，实现乡、村社区自治，建立与农村经济基础相适应的 低成本的农村治理组织形式，并在这些社区性自治组织之外，建立农村合作经济组织及农民协会等经济、 政治性的农民组织体系，以维护农村经济、社会秩序，保护农民的合法权益，是解决农业和农村投入难 题，缓解城乡矛盾和增进城乡和谐的治本之策。