造成农村义务教育财政困难的原因是多重的。在我们这样一个经济相对落后的国家，尤其是农村人 口占绝大多数的国家，“穷国办大教育”是一个基本的现实，这不能不从根本上制约着我国农村教育的投 入水平。不过，从现有的条件和能力来看，我们发现，有三个方面的原因最为重要：①财政上，财政上 的中央集中与教育投入过分地方化的矛盾；②经济上，城乡与地区之间的社会经济发展的不平衡的表现； ③政治上，国家与农民、城市与乡村、中央与地方以及地方各级政府关系不顺。 我国农村县市尤其是中西部县市政府财政困难，无力确保对农村教育的财政投入。
从乡村来看，中 西部乡村事实上陷入了严重的财政和债务危机之中。乡村债务不仅面广，而且量大。全国乡村究竟有多 少债务，说法不一。农业部 １９９９ 年全国清查的结果是乡村两级负债 ３２５９ 亿元。 教育系统自身债务沉重，税费改革减少了经费来源，政府和学校收支矛盾恶化，债务偿还困难。在 现存的县市乡村财政供养人员中，教育系统负担的财政供养人员较多，通常占到一半以上，所占县乡财 政开支的份额较大。在一些地方，县乡财政困难在相当程度上是乡村教育财政困难。
除政府本身的债务 之外，不少学校在 “普九”及各种教育达标升级活动形成了相当数量的债务。如安徽省肥西县 ２０ 世纪 ９０ 年代以后，为了 “两基”达标，各个学校纷纷举债或集资达标，向私人借款，银行信用社借款，及向职 工集资建校、盖房，形成债务。由于相当部分债务是向私人借款，利息高于同期银行利息，沉重的债务越滚越大。从 ２００２ 年 “一费制”实行后，学校再也无力偿还债务了。为了缓解收支矛盾，维持学校的运 转，解决教师的待遇，有的学校重新把手伸向学生和农民，乱收费；有的地方和基层政府也是睁一只眼、 闭一只眼，有的甚至暗示或公然支持学校多收费、乱收费，要学校按规定的比例上缴乡镇，把义务教育 当作一种产业来做。从而助长了教育的乱收费现象。农民的教育负担在一些地方再次出现反弹。